Розглядаються логічні проблеми системного аналізу, що позиціонуються в сучасній виробничій сфері класу організаційно-технічних комплексів. Проведено аналіз стану логічних основ системного аналізу. Встановлено методологічну функцію основ цілей в системному аналізі організаційно-технічних комплексів і співвідношення данних структур як результатів аналізу і синтезу цілей.