Рассматривается задача комплексной отладки программного обеспечения специализированной ЭВМ. Предлагаемый подход к построению аппаратных средств отладки позволяет формировать синхронизированный поток команд и данных в виде протокола выполнения программы. Приведена оценка эффективности предлагаемых решений, позволяющая учитывать сложность реализации аппаратных и программных средств отладки.