Рассматривается процесс проведения научных исследований, формализованный с точки зрения математики и формальной логики. Предложена модель процесса формирования минимально достаточных баз знаний для проведения научных исследований, базирующаяся на представлении знаний, с одной стороны, в виде собственно знаний, информации и данных, а сдругой стороны, в виде системы денотатов и их концептов. Это позволяет перейти к вопросу формирования баз знаний в условиях существующих ограничений на выделяемое ресурсное обеспечение, создания соответствующих систем управления, что обеспечит повышение эффективности проведения научных исследований.