Предложена модель для оценивания качества выполняемых проектов создания наукоемкой продукции с учетом возможностей предприятия-исполнителя. Приведены основные задачи управления качеством в рамках комплексной автоматизированной системы. Разработан программный интерфейс для оценки характеристик качества наукоемкой продукции. Предложена организационная структура распределенного научно-производственного комплекса с встроенной системой управления качеством.