Приводится математическая модель расчета нестационарных процессов теплообмена в пневматической системе программного регулирования температуры с учетом распределенных параметров. Рассматривается созданный на основе математической модели с использованием современных методов автоматизированного проектирования и вычислительной гидродинамики метод расчета. Приведены результаты численных исследований тепловых переходных процессов в отдельных элементах системы на примере пневматического амплификатора ДНК.