Для точного определения свойств онтологии предлагается использовать набор их моделей, являющихся размеченными графами. Каждому классу свойств соответствует своя графовая модель, для которой установлены общая схема, способ интерпретации, правила извлечения структуры из текста онтологии. В терминах графовых моделей обдозначно задаются структурные свойства онтологии.