Рассматриваются особенности построения алгоритма оценки вектора состояния высокоэллиптичного искусственного спутника Земли (ВЭИСЗ) по сигналам космических навигационных систем (КНС) ГЛОНАСС и GPS. Задачей разрабатываемого алгоритма является функционирование в бортовой аппаратуре ВЭИСЗ в реальном времени, что позволяет повысить степень автономности такого ВЭИСЗ. С целью увеличения точности алгоритма оценки предлагается обновлять ковариационную матрицу погрешностей вектора состояния с некоторым интервалом, отличным от интервала поступления измерений. Такой подход снижает негативное влияние корреляции погрешностей измерений на точность оценки вектора состояния.