При больших интенсивностях взаимодействия фемтосекундных лазерных импульсов с различными мишенями многочисленные высокоэнергичные частицы, излучаемые плазмой во всех направлениях, приводят к появлению паразитных пиков на рентгеновских спектрах фемтосекундной лазерной плазмы в случае регистрации их детектором на основе прибора с зарядовой связью (п.з.с.). В данной работе предложен алгоритм, позволяющий идентифицировать паразитные пики в серии экспериментально зарегистрированных спектров для каждой ячейки п.з.с.-детектора независимо от остальных ячеек и затем удалять их. Алгоритм способен обнаруживать пики при наличии вариаций интенсивности спектральных линий и очень большого уровня шума. Эффективность алгоритма подтверждена тестированием с помощью серии модельных спектров и спектров ионов железа и алюминия, полученных в экспериментах по исследованию взаимодействия сверхинтенсивных и сверхкоротких лазерных импульсов с твердотельными мишенями.