Рассматривается возможность совместного оценивания координат углового движения, упругих колебаний и параметров модально-физической (МФ) модели деформируемых космических аппаратов (ДКА) на основе использования алгоритмов фильтрации с применением дискретного расширенного фильтра Калмана. Показано, что синтезированный алгоритм обеспечивает получение в реальном времени необходимой для устойчивого и высокоточного управления информации о координатах и параметрах МФ-модели ДКА. Предложена методика определения допустимой области начальных отклонений коэффициентов модели от истинных значений, в которой обеспечивается сходимость алгоритма идентификации параметров объекта. Приведены результаты математического моделирования процессов оценивания МФ-координат ДКА с помощью предложенного алгоритма.