В статье проанализированы проблемы инновационной деятельности базовых элементов национальной инновационной системы, возможности и пути их интеграции в рамках реализации этапов единого инновационного цикла, предложены концептуальные направления формирования интегрированных структур с учетом их многопрофильности. Проанализированы основы взаимодействия, понимание и разделение которых всеми участниками ИС обязательно в целях достижения устойчивой и эффективной интеграционной деятельности, при любых ее формах. Выделен и предложен ряд категорий и базовых параметров, характеризующих состояние ИС в целом, в рамках этой логики предложена специфика комплекса интегральных и частных показателей, требуемых в дальнейшем для описания деятельности и перспектив развития ИС. Обозначен набор конкретных видов (с учетом этапности) научно-исследовательских работ, требующих выполнения для полной реализации предлагаемой логики взаимодействия участников и последующей конкретизации частных показателей деятельности ИС. Предложена ресурсно-продуктовая модель интеграционного взаимодействия в рамках ИС, с детализацией данных ресурсов и продуктов по отдельным ее участникам.