Рассмотрены методики использования алгоритмов искусственного интеллекта при построении систем управления микророботами и комплексами, учитывающих специфику решаемых задач и непредсказуемый характер взаимодействия микрообъектов между собой и с окружающей средой. Показана необходимость построения и использования виртуальных моделей не только при синтезе алгоритмов, но и в процессе управления. Приведены результаты программных и натурных экспериментов.