Рассмотрены методы организации криптографической защиты человеко-машинных систем, как систем неоднородного состава, проведено их формальное описание, выделены основные структурные компоненты, рассмотрены графы переходов между ними. Предложена аналитическая модель структурной динамики на основе нестационарных дифференциальных уравнений, получено конечное решение для системы малой размерности. Приведены результаты численного моделирования. Ключевые слова: гарантоспособность, криптографическая защита, структурная динамика, криптостойкость, человеко-машинные системы.