Описаны основные принципы создания системы многоуровневого регионально-адаптированного комплексного мониторинга. В качестве модельного объекта рассматриваются морские и наземные экосистемы, где представлены разнообразные водные и земельные комплексы и виды водопользования, а водные ресурсы выступают одним из лимитирующих факторов социально-экономического развития. Результат исследования, проводимого в рамках Программы фундаментальных исследований Отделения наук о Земле РАН, позволит определить пути стабилизации экологической ситуации, выработать подходы и дать рекомендации по устойчивой эксплуатации ресурсов в зонах с экстремальными природными условиями. Ключевые слова: геоинформационные технологии, геоинформационные системы, базы данных, базы знаний, база геоданных, система экологического мониторинга.