Отсутствие четких механизмов увязки и оценки данных мотивационного аудита ведет к тому, что данный вид контроля становится крайне зависимым от профессиональных и личностных качеств членов аудиторской команды. Уровень общетеоретической подготовки аудитора, широта его кругозора в области мотивации и управления персоналом отражаются на качестве мотивационного аудита.