Проблема согласования материального баланса крупного нефтеперерабатывающего завода по измеренным значениям массовых расходов материальных потоков в условиях неполных данных (не все подлежащие определению массовые расходы измерены) формализуется в статье в виде задачи минимизации вырожденной квадратичной функции (суммы квадратов разностей измеренных и скорректированных значений массовых расходов материальных потоков, взвешенных с помощью априорных значений относительных погрешностей измерений) при наличии линейных ограничений-равенств – уравнений материального баланса узлов технологической схемы. Для снижения неопределенности данных, обусловленной погрешностями измерений, и компенсации неполноты данных в систему балансовых уравнений дополнительно включаются заданные экспертами априорные проценты потерь продуктовых потоков в узлах технологической схемы и линейные уравнения, которые отражают порождаемые особенностями технологии пропорции между массовыми расходами сырьевых и продуктовых потоков. Для преодоления последствий возможной вырожденности и несовместности объединенной системы ограничений предлагается искать нормальное псевдорешение задачи согласования материального баланса. Обосновываются расчетные формулы, использующие операции псевдообращения матриц. Указываются методы анализа однозначности (неоднозначности) определения согласованных значений, соответствующих отсутствующим измерениям, и выявления противоречивых ограничений. Приводится иллюстративный численный пример.