Развиты процедуры численного решения задач контакта наноструктур, основанные на дискретизации по времени нелинейных уравнений молекулярной механики. Матрицы и векторы этих уравнений определяются с использованием закона Морзе ковалентного взаимодействия атомов, фиктивных стержневых элементов для учета изменения угла смежных ковалентных связей атомов и нековалентных сил Ван-дер-Ваальса для учета контактных взаимодействий графеноподобных наноструктур. Развитые процедуры введены в вычислительный пакет PIONER, с помощью которого решена задача о контакте/самоконтакте двух нанотрубок в условиях динамического деформирования. Показано, что тип контактного взаимодействия существенно зависит от скорости соударения нанотрубок. При относительно невысокой скорости соударения происходит "прилипание" нанотрубок из-за действия сил притяжения Ван-дер-Ваальса с небольшой деформацией их стенок. При увеличении скорости соударения происходит разлет нанотрубок из-за действия нековалентных сил отталкивания. При дальнейшем увеличении скорости соударения происходит сильное деформирование нанотрубок с мгновенным "прилипанием" противоположных торцов и дальнейшим разлетом трубок. Показано, что учет нековалентных сил взаимодействия противоположных участков стенок нанотрубки предотвращает их самопересечение, при этом в районе контакта нанотрубок происходит овализация их поперечных сечений.