Необходимость совершенствования систем управления для зерновых и зерноперерабатывающих предприятий и компаний на основе интегрированных автоматизированных информационно-управляющих систем определяет потребность в специализированной методологии исследования и моделирования для данного класса сложных систем управления. Предложенная методология основана на использовании диалектического, системного, кибернетического и других подходов и предполагает описание системы, формирование структуры целей, построение и анализ диаграмм причинно-следственных связей, выявление проблемообразующих задач, составление концептуальной модели и формирование математической модели системы на основе взаимодействия с банком моделей управления для предприятий зернового сектора АПК. Ключевые слова: методология исследования и моделирования, сложная система управления, структура целей, диаграмма причинно-следственных связей, контуры обратных связей, концептуальная модель, критерий, банк моделей, зерновые и зерноперерабатывающие компании.