Дан анализ возможности автоматизации проектирования сложных информационных систем. Рассматрены постановка и алгоритм решения задачи разбиения баз данных информационной системы на физическом уровне с целью оптимизации времени доступа к данным. Приведен пример программного комплекса оптимизации структуры баз данных информационных систем.