Поддержание высокого уровня безопасности управления полетом космических аппаратов (КА) является одним из наиболее важных требований к организации процесса функционирования автоматизированной системы управления полетом (АСУП) КА. Современные АСУП КА представляют собой, как правило, сложную организационно-техническую систему, которая состоит из множества взаимодействующих друг с другом разнородных элементов. Сложность АСУП КА обусловливает необходимость поиска оптимальной организации процесса управления полетами КА и эффективного взаимодействия значительного числа структурных элементов АСУП КА. В статье рассмотрены вопросы организации АСУП пилотируемых КА с точки зрения обеспечения безопасности управления полетами. Эти вопросы рассматриваются на примере организации управления полетом Российским сегментом МКС.