В статье рассмотрены вопросы обоснования внедрения автономной системы менеджмента качества в структурном подразделении университета, а также системы бизнес-моделирования на платформе продукта BusinessStudio 3.5. Отмечены отличительные функциональные возможности системы BusinessStudio 3.5 и показана их эффективная реализация на примере специальной кафедры университета. Показано, что построение сбалансированной системы показателей на базе системы бизнес-моделирования позволяет повысить результативность и эффективность действующей СМК.