Показано, что деятельность ФГУП не эффективна и нет критериев необходимости создания и функционирования унитарных предприятий. Приведена схема системного анализа деятельности ФГУП, рассмотрены методы формирования, распределения и использования финансовых ресурсов предприятия. Сделан вывод, что в России на сегодняшний день среда неблагоприятна для развития ФГУП, особенно в научной сфере. Ключевые слова: инновационное развитие промышленности, модернизация ФГУП, управленческая структура государства