Изучаются особенности моделирования системы со структурными изменениями в развитии на примере управляемой биологической популяции. В данном контексте рассматривается проблема, связанная с возможностью возникновения непритягивающих хаотических множеств в динамических системах, имеющих более одного аттрактора. Описывается применение формализма гибридных автоматов для задач моделирования биологических процессов. Особенности фазового портрета разработанной динамической модели характеризуются наличием локально-несвязных границ областей притяжения двух аттракторов. Делается вывод об ограниченной предсказуемости динамики отдельных управляемых природных систем, что является следствием неопределенности относительно движения системы к одному из возможных устойчивых состояний.