Протягом останніх десяти років Україна впроваджує нові методи й механізми державного управління економікою. Бюджетна реформа в нашій країні почалася у 2001 р. із прийняття Бюджетного кодексу. До інноваційних механізмів удосконалення бюджетних систем можна віднести програмно-цільовий метод формування бюджетів. У 2002 р. окремі елементи цього методу були впроваджені на рівні державного бюджету. Авторами розглянуто програмно-цільовий метод бюджетного планування із застосуванням методу аналізу ієрархій для прийняття рішень. Показано, що запропонований метод можна використовувати для вибору бюджетних інноваційних проектів.