В работе с позиций биосистемной аналогии рассмотрены методологические вопросы проектирования сложных кибернетических систем, к которым в полной мере относятся средства мониторинга безопасности информационных систем (ИС). Предложен подход к построению защищенных ИС, определяющий основные положения и методологию создания защищенных интеллектуальных ИС.