Предложен состав комплекса моделей взаимодействия участников при проектировании и эксплуатации логистического центра (ЛЦ), а также варианты моделирования организационно-управленческих решений, определяющих эффективность функционирования и взаимодействия контрагентов в ЛЦ. Показан алгоритм построения организационно-управленческой модели ЛЦ. Рассмотрены проблемы межорганизационной координации в ЛЦ и предложены решения, которые позволяют устранить причины возникновения конфликтов. Раскрыты механизмы централизованной и децентрализованной координация контрагентов ЛЦ.