Приводятся результаты разработки и реализация системы управления организационной структурой производственно-коммерческим предприятием на основе оптимизации его бизнес-процессов. Предложенное решение позволяет оценивать эффективность существующей структуры предприятия, и создавать новые перспективные варианты решений при реорганизации компаний или бизнеса. Ключевые слова: система управления, организационная структура, бизнес-процесс, оптимизация.