В настоящее время для моделирования нестационарных систем управления спектральным методом применяются различные системы компьютерной математики (СКМ) и пакеты их расширения. Современные технологии, связанные с фрактальным подходом в различных прикладных областях, в частности в радиотехнике, радиолокации, теории динамических систем, порождают новую элементную базу, математические модели которой содержат дробные интегрирующие и дифференцирующие операторы. В данной статье спектральный метод распространен на системы управления, модели которых содержат дробные интегрирующие и дифференцирующие звенья. Для моделирования таких систем модифицированы пакеты расширения MLSY_SM, Spektr_SM+Simulink+Matlab, Spektr_SM+VisSim+Mathcad СКМ. Применение этих пакетов демонстрируется на модельных примерах, а пакет MLSY_SM СКМ Mathcad применен для исследования влияния порядка дробности координатора цели системы самонаведения на точность наведения при случайных воздействиях.