Моделирование структурно неоднородных транспортно-производственных систем приводит к ряду трудностей. С целью их преодоление предлагается многоверсионный подход к моделированию для разрешения системного конфликта между уровнем адекватности и степенью сложности модели. Применение многоверсионного подхода иллюстрируется на примере построения семейства моделей для описания логистических задач грузового порта, производится сравнение уровней сложности и адекватности построенных моделей. В качестве базы для построения моделей рассматривается аппарат сетей Петри с дальнейшим моделирование в среде AnyLogic. Ключевые слова: многоверсионное моделирование, транспортно-производственные системы, логистика, имитационное моделирование, сети Петри