Рассматривается проблематика управления проектами разработки и модернизации сложных информационных систем. Сформулированы требования, предъявляемые к управлению такими проектами со стороны внешнего окружения. На основании ранее выполненного анализа преимуществ и недостатков современных методологий разработки программного обеспечения и сложных технических систем, предложен подход на основе dual-V модели, позволяющий выполнять разработку, сопровождение эксплуатации и модернизацию информационных систем, имеющих сложную внутреннюю иерархическую архитектуру. Особенностью предлагаемой методики управления проектами является возможность совместного применения нескольких методологий управления разработкой ПО в рамках одного проекта. Показано, что на основе такого подхода возможно удовлетворение внешних противоречивых требований, предъявляемых к проектам сложных информационных систем.