Рассмотрены вопросы численного моделирования процесса электрокенетической очистки грунтов. Предложены математическая модель и конечно-элементная схема решения задач относительно нее, а также особенности реализации схемы на кластерных системах и графических процессорах. Приводятся результаты численных экспериментов, показывающих высокую эффективность параллельных вычислительных систем.