Среди многочисленных методологических проблем исследовательского и прикладного характера одной из наименее разработанных является проблема оценки результативности, эффективности и качества как самой НИД, так и системы управления ею. Подходы, предлагаемые различными авторами и имеющие практическое применение при оценивании научно-инновационной деятельности (НИД) вузов, основаны на сравнительном анализе результатов различных (преимущественно однопрофильных) вузов. Данные инструменты успешно применяются при внешней оценке деятельности вуза заинтересованными сторонами. Однако в целях получения объективной информации как основы для принятия управленческих решений в области НИД руководству вуза необходим инструмент внутренней оценки результативности и эффективности, учитывающий специфику инновационной деятельности конкретного вуза. В статье предложена методика внутренней оценки эффективности НИД, в основу которой лег подход к оцениванию эффективности управленческой деятельности как оценке степени достижения поставленных целей.