С конца 1990-х годов большинство полетов «челноков» проводились по программе создания Международной космической станции. «Атлантис», «Дискавери» и «Индевор» сначала выводили на орбиту блоки станции, затем доставляли оборудование и экипажи. В этих полетах не участвовала «старушка» «Колумбия». Она, как уже упоминалось, из-за более раннего выпуска была тяжелее своих «собратьев», что не позволяло ей выводить на орбиту многие элементы МКС. Поэтому «Колумбия» была задействована в других проектах, в частности, в обслуживании и ремонте космического телескопа «Хаббл». Ремонту «Хаббла» была в основном посвящена и миссия STS-109, стартовавшая 1 марта 2002 года. Астронавты совершили несколько выходов в открытый космос для замены частей телескопа, провели научные эксперименты. Через 10 дней 22 часа «Колумбия» совершила штатную посадку в Центре имени Кеннеди.
