В статье представлена проблема формирования самостоятельной деятельности студентов в современном процессе обучения в вузе. Выявлена необходимость разработки интегративного методологического инструментария, в качестве которого рассмотрена совокупность методологических подходов: историко-генетического, системного, личностно-деятельностного, компетентностного, модельного и полисредового. Определено преимущество интегративной методологии, позволяющей раскрыть диалектику формирования самостоятельной деятельности в процессе обучения, представить ее как цельный педагогический феномен и выявить необходимость переведения существующей теории самостоятельной деятельности на следующий уровень – уровень интегративной целостности.