Рассматривается аналитически-симуляционный метод изучения влияния топологии сети на производительность приложений молекулярной динамики. Описанная методика представляет собой симуляцию работы приложения с проведением серии экспериментов для проверки точности результатов. Подход применялся и проверялся на приложении молекулярной динамики Gromacs. Ключевые слова: Simics, производительность сети, трассировка, кластер, Wireshark, моделирование.
