У статті розглядаються питання використання конструктивних властивостей теорії натуральних систем при проектуванні та побудові комп'ютерних онтологій у певних системах вирішення задач. Визначаються структурні компоненти онтологій, які найбільш повно можуть бути представлені у вигляді натуральних систем. Описуються механізми формування множини таксономій та ієрархій на основі певних властивостей концептів тематичних онтологій. Наводиться методика застосування комп'ютерних онтологій на прикладі створення тематичних шарів карт в ГІС-середовищі на основі тематичної онтології. Ключові слова: онтологія, властивість, ієрархія, таксономія, тавтологія, задача, геоінформаційна система.