Інституціональна невизначеність, нерозвиненість системи державного регулювання, недостатнє використання мотиваційних механізмів та ринкових інструментів в Україні обумовлюють складність і суперечливість фінансування структурних зрушень у економіці. У статті проаналізовано вплив коригування податково-бюджетної й грошово-кредитної політик, їх узгодження на досягнення прогресивних структурних зрушень у економіці. Розглянуто роль і значення надійного фінансування структурних зрушень із урахуванням тривалості інноваційного циклу. Наголошено на актуальності питання державного фінансування розвитку сучасної інфраструктури інноваційного бізнесу, активної підтримки розбудови транспортних та інформаційно-комунікаційних мереж. Розроблено теоретико-методологічні засади й напрямки фінансування інноваційного розвитку з позицій структурних зрушень національної економіки. Підкреслено необхідність створення й упровадження основних фінансових інструментів державного регуляторного впливу на її структурні зрушення та інноваційну модернізацію.