Стаття присвячена обґрунтуванню шляхів забезпечення якісних змін у механізмі фіскального регулювання інноваційної діяльності в Україні та рекомендацій щодо застосування селективного підходу при прийнятті управлінських рішень у бюджетно-податковій сфері про залучення й використання інвестиційних ресурсів для інноваційних розробок та їх упровадження у виробництво. Проаналізовано стан і основні заходи державної політики з регулювання інноваційної діяльності в Україні. Досліджено досвід фіскального стимулювання інноваційних процесів у провідних країнах світу, де активно використовується механізм державної фінансової підтримки реалізації інноваційного потенціалу та ведення науково-дослідної діяльності. Особливу увагу приділено діяльності провідних ВНЗ України в інноваційній сфері. Запропоновано використовувати інноваційно-інвестиційний податковий кредит для підприємств із конкретизацією інноваційних ознак і обсягів виробництва. Надано рекомендації щодо селективного підходу до фіскальних інструментів регулювання інноваційної діяльності.