Предложен подход к описанию семантики и прагматики информационных систем с использованием метаграфов, понятие семантики информационной системы как графовой структуры для описания данных и знаний, способ представления и хранения метаграфов в виде информационного элемента метаграфа, а также основные операции над метаграфами, которые могут быть реализованы в виде программного интерфейса. Показано развитие понятия семантики информационной системы. Дано определение метаграфа и формализованное описание его информационного элемента. На примере показаны различия между гиперграфом и метаграфом. Рассмотрены основные виды атрибутов информационного элемента метаграфа, описание целей информационной системы в виде частично-упорядоченного множества, пример описания данных и процессов информационной системы с использованием метаграфовой структуры. Предложено формализованное описание метаграфового агента в виде реактивного агента, реализующего поведение на основе заданного набора правил, описание прагматики информационной системы в виде связи частичноупорядоченного множества целей с процессами на основе метаребер метаграфа.