Конфлікт цілей виникає на всіх рівнях управління ланцюгом поставок (стратегічному, тактичному та операційному) як певної системи, структурованої за певними ознаками. Відтак, можна говорити про конфлікт як між цілями складових частин (підсистем), так і між ними і метою вищого рівня - головною метою системи.