В статті обгрунтовано, методологія являє собою найважливіший забезпечуючий елемент підсистеми моніторингі в системі стратегічного регулювання регіональної структури та теріторіальної організації агропродовольчої сфери, багато в чому визначальний для побудови ідеології та характеру проектних рішень за іншими його забезпечуючими елементами.