В статье рассмотрены проблемы использования программных средств выявления плагиата, среди которых: отсутствие учета легальных заимствований (цитат), списков литературы, наименований приведенных в тексте документов, самоцитирования автора. Необходима законодательная формализация и разработка единого стандарта по оформлению в электронном виде всех типов письменных работ, открытость экспертиз и их результатов, свободный доступ к полнотекстовым материалам научных работ, постоянный мониторинг новых ухищрений и разработка мер противодействия.