Рассмотрена задача рассеяния плоских электромагнитных волн на двумерно-периодических диэлектрических структурах с коническими углублениями, расположенными на однородной диэлектрической подложке. Предложена модификация гибридного проекционного метода решения, включающая применение метода связанных волн (неполного метода Галеркина), метода проекционного сшивания полей на границах областей и одномерного метода конечных элементов. Предложенный метод позволяет избежать использования избыточного числа неизвестных коэффициентов разложения, имеющего место в предыдущих версиях. Приведены численные результаты, полученные при расчете эффективной проницаемости диэлектрического слоя конечной толщины, перфорированного цилиндрическими отверстиями, а также при оптимизации параметров конических углублений, обеспечивающих согласование диэлектрического полупространства для различных значений угла падения волны.