У статті обгрунтовано, в процесі обрання критеріїв ефективності потрібно мати на увазі цілий ряд ключових обставин. Доведено, при обранні часткових критеріїв якості потрібно обов'язково враховувати узагальнюючий критерій ефективності усієї підсистеми моніторингу в функціонально розвинутих системах регулювання регіональної структури і територіальної організації суб'єктів агропродовольчої сфери.