Рассматривается возможность использования предложенного алгоритма спектрального анализа измерительных сигналов для дифференциальной диагностики функционального состояния органов кишечно-желудочного тракта. Исследованы электрогастроэнтерографические сигналы для нормального состояния при язвенных поражениях желудка и двенадцатиперстной кишки. Для дифференциальной диагностики этой болезни используются средние значения комплексных коэффициентов Фурье, приведены зависимости этих коэффициентов от числа гармоник исследуемого сигнала. Предложены структуры искусственных нейронных сетей для классификации образцов. Ключевые слова: желудочно-кишечный тракт, электрогастроэнтерографические сигналы, спектральный анализ, коэффициенты Фурье, нейронная сеть.