Представлен алгоритм для моделирования работы молекулярной ступени вакуумного насоса в режиме течения газа при числе Кнудсена более 0,33. Насос содержит гладкий цилиндрический статор и ротор, снабженный винтовыми каналами. Показана эффективность применения ротора, состоящего из двух секций с разными углами подъема винтовых каналов. Секция ротора со стороны входа в насос имеет больший угол подъема винтовых каналов, чем секция со стороны выхода из насоса. Для моделирования использован вариант метода Монте-Карло (метод пробной частицы) в трехмерной постановке. Скорости молекул подчиняются закону Максвелла с отражением от поверхностей проточной части по закону косинуса при коэффициенте аккомодации, равном единице. Приведен пример расчета.