Выполнен сравнительный анализ качества измерений фазы несущей сигналов навигационных спутников ГЛОНАСС и GPS и спектра мелкомасштабных неоднородностей электронной концентрации в условиях действия нестационарной и неоднородной полярной ионосферы. Показано, что появление мелкомасштабных неоднородностей электронной концентрации в ионосфере может приводить к существенному нестационарному увеличению ускорения фазы несущей сигналов как GPS, так и ГЛОНАСС в 1.3-2.5 раза относительно фонового уровня.