Представлен анализ такой актуальной проблемы, как формирование профессиональных компетентностей в рамках создания инновационной образовательной системы профессиональной подготовки в условиях существующей неопределенности относительно потребности в специалистах сферы высоких технологий в среднем и дальнем временных горизонтах. Обосновано, что решение проблемы "размытости" тренда потребности в специалистах различных сфер инновационной экономики может быть осуществлено при реализации прогнозирования потребности в высококвалифицированных кадрах на основе анализа стратегии инновационного развития региональной экономики. Доказано, что различия в содержании профессиональных компетентностей будущих специалистов будут зависеть не только от сфер их приложения, но и от объективно существующей неопределенности соотношения между компонентами образовательных программ, формирующих как конкретные, так и "мягкие" профессиональные компетентности, что в определенной мере будет оказывать влияние на формирование качественных характеристик человеческого капитала.