Запропоновано вдосконалення математичної моделі білка ВІЛ-1 протеази, застосованої у відкритому програмному комплексі GROMACS 3, шляхом введення додаткових потенціалів міжатомних взаємодій distance restrains ("стримування відстаней"). Це вдосконалення забезпечує кращу на 4 - 23 % (порівняно зі стандартною моделлю) відповідність обчислених характеристик і виміряних у ході ЯМР-експериментів. Уточнену модель ВІЛ-1 протеази використано для розробки нового програмного забезпечення моделювання взаємодії білків з інгібіторами.
The improvement of GROMACS 3 model for HIV-1 protease by involving of artifical atoms interaction potentials (distance restrains) have been proposed. This improvement provides 4 - 23 % better correspondence between experimental and calculated NMR spectral characterictics comperatively to standard model. Proposed model have been used for creation of software for modeling of proteins- inhibitors docking.
