Вміст порожнин щлунково-кишкового тракту розглядається як ендогенна екологічна система, яку складають, з одного боку, біологічно активні речовини (медіатори, гормони, ферменти, вітаміни, активні метаболіти), а з іншого - різні види мікроорганізмів. Ендоекологічні фактори впливають на секрецію, моторику, всмоктування в шлунково-кишковому тракті, забезпечують механізми захисту, а також беруть участь у адаптаційних процесах при екзоекологічних впливах. кожний відділ травної системи характеризується відповідним балансом між ендоекологічними факторами, порушення цього балансу або надмірний вплив екзоекологічних факторів призводить до руйнування ендоекосистеми.
