В роботі розглянуто задачу непараметричного оцінювання для пуасонівського процесу, що керується ланцюгом Маркова з неперервним часом, при неповних спостереженнях. Запропоновано метод непараметричного оцінювання, що базується на можливості представлення такого процесу у вигляді прихованої марковської моделі. Проведено детальний аналіз запропонованої статистичної процедури на прикладі оцінювання невідомих функцій розподілу при неповних спостереженнях складного пуасонівського процесу, що керується простиммарковським процесом регенерації.